Las primeras casas de adobe y paja comenzaron a construirse alrededor de la plaza principal, pero el 24 de junio de 1872 el pueblo fue atacado por un malón de aproximadamente 500 originarios, quienes terminaron replegándose y cruzando al norte del Arroyo El Rey. Las tribus se guarecieron entonces en la costa del Paraná, casi frente a Las Garzas actual y hasta allí les envió Obligado a emisarios, siendo, de acuerdo al informe del Jefe de Fronteras, los principales actores don Teodoro Almirón y don Francisco Villalba quienes en nombre de Obligado incitaron a los nativos a aceptar la reducción. Debido a las bajas que causó la lucha, fue inaugurado el primer cementerio, el 25 de junio de 1872, un día después del ataque.5 Las casas de adobe fueron finalmente reemplazadas a finales del 70, cuando Obligado llevó albañiles desde Goya para construir casas de ladrillos.
Reconquista presentó dos etapas organizativas claramente definidas: desde 1872 a 1873 como pueblo militar y desde 1873 a 1878 como reducción indígena. En los primeros años de la aldea se distinguían tres núcleos: la Reconquista urbanizada en el centro, luego un núcleo, situado actualmente en el Tiro Federal, donde estaban los Abipones que componían el cuerpo de los Lanceros del Sauce y por último, las tolderías de Mocovíes y Tobas, ubicadas en lo que actualmente es el barrio La Cortada de la ciudad.
El 14 de octubre de 1884 se creó la Comisión de Progreso Local, y con ella desapareció el carácter castrense de la ciudad. Esta comisión fue reemplazada el 27 de mayo de 1886 cuando se designó la Primera Comisión de Fomento. El crecimiento demográfico se hizo evidente con las políticas inmigratorias a nivel nacional y con el repliegue aborigen de terrenos aptos para la agricultura. En 1885 la ciudad contaba con 2.131 habitantes, aumentando a 7.899 para 1914.
La principal actividad económica de la época eran la agrícola y la comercial, pero para finales de los 1870 se instalaron las primeras industrias, el molino harinero de César Enriet y una fábrica de Potasa fueron las primeras en instalarse. El desarrollo económico se vio acelerado con la construcción del puerto en 1884, a cargo de la empresa Manuel del Puerto Vignon & Cía., y el paso de una línea de ferrocarril que unía a la ciudad con Santa Fe. Iniciados los trabajos por el gobierno de la provincia, en el año 1889 se logró habilitar el ramal Vera-Reconquista, dependiente de la línea Santa Fe- Barranqueras. Este servicio, en 1890 fue vendido a la compañía francesa de ferrocarriles de la provincia de Santa Fe.
En ese entonces, debido a la infraestructura que poseía, Reconquista absorbía los productos de las localidades cercanas, que eran trasladados vía ferrocarril al puerto, ubicado en una posición estratégica entre Santa Fe y Barranqueras.
El auge que estaba viviendo Reconquista produjo un aumento en la calidad de los servicios públicos, el cementerio fue mudado a su actual lugar en 1907, el mismo año en el que se inauguró el Hospital de Caridad. Otro estímulo económico para el pueblo fue la creación de la Sociedad Rural, en 1919, que significó un fomento para la actividad agrícola. La ciudad para ese entonces contaba con dos bibliotecas públicas: la biblioteca Florentino Ameghino y la Biblioteca Escolar y popular Juan M. Gutiérrez.
En 1921 se estableció un censo para establecer si el pueblo reunía las condiciones para ser promovido a ciudad. El censo dio la cantidad de 10.205 habitantes y se decretó su elevación a ciudad. El 10 de octubre de ese año el gobernador puso en posesión de sus funciones al primer intendente municipal, Patricio Diez. Al año siguiente se celebraron las primeras elecciones legislativas, que determinaron que Emilio Kohli, Eduardo Vagni, Decoroso Dánnunzio, Antonio Sabaté y Prudencio Ledesma integraran el Concejo Deliberante.
En esta etapa comenzaron a instalarse nuevas industrias de diferentes rubros, ya sea tabacalera, de calzado o jabonera. Junto con el desarrollo se instalaron también sucursales de los principales bancos del país y en la década del 20 se construyeron la mayoría de los edificios públicos de la ciudad. La crisis mundial que se desató en la década del 30 afectó a muchas de las industrias de la ciudad, pero el impacto económico se vio disminuido por la difusión del cultivo de algodón y la instalación de industrias derivadas. Miientras, en 1931 se habilitó la red cloacal y el servicio de agua corriente, que se obtenía mediante pozos.
Luego, el 10 de agosto de 1945 se instala la Base Aérea Militar Reconquista. En tanto, la red de alumbrado pasó en esa década de estar en manos de la Compañía Suiza Argentina a estar a cargo de la Compañía Estatal de Agua y Energía como parte de la política estatizadora nacional. La instalación telefónica fue iniciada por una pequeña empresa privada, que fue ampliando el tendido hasta ser comprada en 1930 por la Sociedad Telefónica Santa Fe, que en 1947 se convertiría en Teléfonos del Estado.
La ciudad expandió su actividad industrial y comienzó a exportar sus productos: en 1951 se instaló una fábrica de fideos y en 1957 un frigorífico. En 1971 se construyó un Parque Industrial de 56 hectáreas, donde se radican industrias de diferentes rubros y origen de capital, aunque la mayoría de ellas son del rubro alimenticio. También se instalaron industrias que tratan la madera y diferentes metales, así como fábricas de maquinaria, aumentando el desarrollo industrial que la ciudad venía experimentando.