1997
Con Francisco Ferraro como entrenador, Colón logra el subcampeonato del Clausura, detrás de River a quien en le propina un inolvidable 5 a 1 en Santa Fe durante el torneo. Clasifica a la Copa Conmebol –se juega ese mismo año y llega a semifinales–, mientras que el 3 de diciembre derrota 1 a 0 a Independiente en cancha de Lanús con gol de Marcelo Saralegui, logrando su pasaje a la Copa Libertadores y constituyéndose en el único equipo de la ciudad en participar del torneo más importante a nivel de clubes de Sudamérica.
1998
Disputa la Copa Libertadores por primera vez en su historia. Comparte el Grupo 5 con River, Alianza Lima y Sportin Cristal de Perú. Fue eliminado por River en cuartos de final y se metió entre los ocho mejores equipos de América.
2003
A la Copa Conmebol y Copa Libertadores, se suma la Copa Sudamericana, a la que Colón clasifica con Edgardo Bauza como técnico. En la primera fase elimina a Vélez y más tarde se queda afuera ante Boca en Salta.
2009
Con Antonio Mohamed como director técnico, Colón se clasifica tercero en la tabla general del torneo Apertura y logra un lugar en la Copa Libertadores del año siguiente. Queda eliminado en Chile ante la Universidad Católica.
(De la página oficial de Colón en Internet)