Jonathan Fabbro nació el 16 de enero de 1982 y pasó por siete países diferentes: Argentina, Colombia, España, Brasil, México, Chile y Paraguay. Empezó su carrera en el club Argentinos Juniors en 1999.
Luego pasó a ser jugador del Mallorca de España, y en el 2002 volvió para integrar el plantel del club Boca Juniors, donde jugó sólo seis partidos, aunque ganó su primer título en el Apertura 2003.
En el 2004 partió al Once Caldas de Colombia, justo para ganar la Copa Libertadores de América. Al año siguiente pasó por el Dorados de México. Y en 2006 militó en dos clubes: en el Atlético Mineiro de Brasil y en la Universidad Católica de Chile.
Hace tres años arribó al club Guaraní de Paraguay, donde en 2008 salió mejor jugador y goleador, con el equipo con el que se consagró vicecampeón del Torneo Clausura 2008.
El 24 de marzo último, obtuvo la ciudadanía paraguaya y el mes pasado Fabbro volvió a salir campeón del torneo Apertura de la Primera División de Paraguay, constituyéndose en una de las principales figuras del equipo.